胃腸道內(nèi)棲息著數(shù)目龐大的微生物群落，其微生物細(xì)胞數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了宿主動(dòng)物機(jī)體的總細(xì)胞數(shù)。人類(lèi)結(jié)腸內(nèi)的細(xì)菌占機(jī)體總細(xì)胞的90％以上。kleessen et al（1997）報(bào)道在大鼠盲腸和糞便中已鑒別出627種微生物菌落。
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三 無(wú)菌腸道與菌群腸道
有些研究認(rèn)為微生物群落或微生態(tài)系統(tǒng)可能并不是動(dòng)物生存和生長(zhǎng)所必需的，如無(wú)菌小雞要比普通雞，甚至比用抗菌生長(zhǎng)促進(jìn)劑處理過(guò)的動(dòng)物生長(zhǎng)的要好。無(wú)菌動(dòng)物與普通動(dòng)物相比，其胃腸道具有不同的特點(diǎn)（Ewing and Cole,1994）。無(wú)菌動(dòng)物小腸重量較低其代謝能消耗較低和內(nèi)源損失下降。（建明工業(yè)出品）一般來(lái)說(shuō)，對(duì)于單胃動(dòng)物，代謝消耗大和腸道疾病的發(fā)生對(duì)動(dòng)物機(jī)體造成的不利影響已遠(yuǎn)遠(yuǎn)勝過(guò)了胃腸道內(nèi)棲息微生物菌落對(duì)動(dòng)物機(jī)體產(chǎn)生的有益作用。然而，反芻動(dòng)物并非如此，反芻動(dòng)物可以利用富含纖維的低質(zhì)粗飼料為機(jī)體提供營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)主要得益于瘤胃微生物區(qū)系。
單胃動(dòng)物胃腸道穩(wěn)定的微生物發(fā)酵可以影響病原菌群的建立，因?yàn)槟c道內(nèi)穩(wěn)定的發(fā)酵對(duì)病原菌的建立有抵制作用（Hil’man et al.，1994）。然而檢測(cè)動(dòng)物微生物發(fā)酵的穩(wěn)定性有一定的難度，因此，很有必要研究腸道內(nèi)容物的變化。腸道內(nèi)的有些微生物能有效地抑制病原菌的大量繁殖，特別是乳酸菌。（建明工業(yè)出品）所以測(cè)定腸道內(nèi)能抑制病原菌增殖的菌落的潛在有效能是基于腸道內(nèi)容物中乳酸桿菌與大腸桿菌之間的比例，一般而言，如果有益菌乳酸桿菌的數(shù)量相對(duì)高于有害菌大腸桿菌類(lèi)，則表明對(duì)病原菌有抑制作用的細(xì)菌數(shù)增加了，并且這可能是判斷動(dòng)物是否健康的一個(gè)很有用的指標(biāo)。
胃腸道消耗大量能量用于自身代謝，因此，腸道功能的改變可以影響動(dòng)物的生產(chǎn)性能。小腸內(nèi)存在一些微生物發(fā)酵，并且這些微生物也同宿主動(dòng)物競(jìng)爭(zhēng)易消化的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，豬飼料凈能有6%因小腸內(nèi)的微生物發(fā)酵而損失（Mikkelsen and Jensen，2000）。調(diào)控小腸食糜流通效率將有可能改善家畜生產(chǎn)性能。動(dòng)物采食高能量濃度型日糧增加葡萄糖和其它營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)能力，這樣可以降低葡萄糖進(jìn)入大腸的數(shù)量。在大腸葡萄糖是不能被有效利用的。