常見的固體發(fā)酵菌種有細菌類和真菌類，細菌類主要有芽孢桿菌、乳酸菌；真菌類主要有酵母菌和霉菌（根霉、毛霉、木霉、曲霉）。

發(fā)酵菌種的劑型主要有液體和固體2種。一般來說，大多數(shù)純培養(yǎng)的發(fā)酵劑采用液體劑型，菌種的生產(chǎn)是從斜面，菌種活化、三角瓶、小型種子罐到大型種子罐，然后用于生產(chǎn)發(fā)酵。固體劑型的菌種主要是曲種，按傳統(tǒng)固體制曲技術制作。不同微生物對營養(yǎng)物質的各種理化因子要求不同，而發(fā)酵過程是一個動態(tài)過程，不會維持某一個恒定的狀態(tài)，因此，目前常見的豆粕固體發(fā)酵是由多種微生物共同協(xié)同或按順序進行的。

開始發(fā)酵時，表層的低溫耗氧微生物，例如芽孢桿菌和酵母菌等，開始大量繁殖，導致發(fā)酵料溫持續(xù)上升和氧氣的減少，為厭氧微生物的生長提供了條件，有機會大量繁殖，例如像乳酸菌等兼性厭氧微生物，發(fā)酵產(chǎn)酸，致使發(fā)酵物料pH值下降，抑制雜菌生長，使得嗜酸性微生物大量繁殖。另外采用多菌種協(xié)同發(fā)酵，是考慮到芽孢桿菌、霉菌、酵母菌和乳酸菌等具有各自獨特的發(fā)酵性質，如芽孢桿菌因為芽孢的存在使得耐受性極強，可以保證大量繁殖；酵母菌菌體本身蛋白質含量高，氨基酸組成合理，而且極易利用非蛋白氮合成優(yōu)質的酵母菌體蛋白，提高蛋白品質；乳酸菌在發(fā)酵過程中由于其產(chǎn)酸作用，能降低物料pH值，抑制雜菌滋生，同時改善物料風味和適口性。實際生產(chǎn)中，如何對各菌種進行組合，進行優(yōu)勢互補，對于進行一個高品質的發(fā)酵極為重要。