胃腸道內(nèi)棲息著數(shù)目龐大的微生物群落，其微生物細胞數(shù)量遠遠超出了宿主動物機體的總細胞數(shù)。人類結(jié)腸內(nèi)的細菌占機體總細胞的90％以上。kleessen et al（1997）報道在大鼠盲腸和糞便中已鑒別出627種微生物菌落。
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三 無菌腸道與菌群腸道
有些研究認為微生物群落或微生態(tài)系統(tǒng)可能并不是動物生存和生長所必需的，如無菌小雞要比普通雞，甚至比用抗菌生長促進劑處理過的動物生長的要好。無菌動物與普通動物相比，其胃腸道具有不同的特點（Ewing and Cole,1994）。無菌動物小腸重量較低其代謝能消耗較低和內(nèi)源損失下降。（建明工業(yè)出品）一般來說，對于單胃動物，代謝消耗大和腸道疾病的發(fā)生對動物機體造成的不利影響已遠遠勝過了胃腸道內(nèi)棲息微生物菌落對動物機體產(chǎn)生的有益作用。然而，反芻動物并非如此，反芻動物可以利用富含纖維的低質(zhì)粗飼料為機體提供營養(yǎng)物質(zhì)主要得益于瘤胃微生物區(qū)系。
單胃動物胃腸道穩(wěn)定的微生物發(fā)酵可以影響病原菌群的建立，因為腸道內(nèi)穩(wěn)定的發(fā)酵對病原菌的建立有抵制作用（Hil’man et al.，1994）。然而檢測動物微生物發(fā)酵的穩(wěn)定性有一定的難度，因此，很有必要研究腸道內(nèi)容物的變化。腸道內(nèi)的有些微生物能有效地抑制病原菌的大量繁殖，特別是乳酸菌。（建明工業(yè)出品）所以測定腸道內(nèi)能抑制病原菌增殖的菌落的潛在有效能是基于腸道內(nèi)容物中乳酸桿菌與大腸桿菌之間的比例，一般而言，如果有益菌乳酸桿菌的數(shù)量相對高于有害菌大腸桿菌類，則表明對病原菌有抑制作用的細菌數(shù)增加了，并且這可能是判斷動物是否健康的一個很有用的指標。
胃腸道消耗大量能量用于自身代謝，因此，腸道功能的改變可以影響動物的生產(chǎn)性能。小腸內(nèi)存在一些微生物發(fā)酵，并且這些微生物也同宿主動物競爭易消化的營養(yǎng)物質(zhì)，豬飼料凈能有6%因小腸內(nèi)的微生物發(fā)酵而損失（Mikkelsen and Jensen，2000）。調(diào)控小腸食糜流通效率將有可能改善家畜生產(chǎn)性能。動物采食高能量濃度型日糧增加葡萄糖和其它營養(yǎng)物質(zhì)的轉(zhuǎn)運能力，這樣可以降低葡萄糖進入大腸的數(shù)量。在大腸葡萄糖是不能被有效利用的。