研究：全基因組從頭測序方法為豬遺傳育種提供了基礎

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　　日前，四川農業(yè)大學動物遺傳育種研究所和重慶畜科院、北京諾和致源等單位的研究人員合作，通過全基因組從頭測序方法對豬基因組變異進行了全面分析。

　　該研究從頭組裝了歐亞大陸9個代表性豬種(長白豬、大白豬、漢普夏豬、皮特蘭豬、巴克夏豬、梅山豬、榮昌豬、民豬、八眉豬、金華豬)的基因組序列。通過與參考基因組進行比較，發(fā)現(xiàn)鑒定了大量新的SNP和結構變異。為豬參考基因組補充了137Mb的序列，完整組裝出1737個參考基因組中缺失的蛋白編碼基因，其中74個參與肌肉生長和脂肪沉積，76個參與免疫調控。

　　基于群體基因組重測序數(shù)據，鑒定出α蛋白激酶3基因(ALPK3)兩個緊密連鎖的錯義堿基突變(T-G和G-C)將導致蛋白相應位置氨基酸(天冬酰胺—組氨酸，絲氨酸—半胱氨酸)的突變，或許與家豬具有較強的沉脂能力相關;多囊腎1樣蛋白2基因(PKD1L2)的錯義堿基突變(C-T)將導致蛋白相應位置氨基酸(蘇氨酸—異亮氨酸)的突變，或許與家豬退化的運動能力和重要肉質性狀(肌內脂肪含量)相關。

　　這項研究展示了全基因組從頭測序策略在變異檢測應用中的巨大優(yōu)勢，為個體基因組測序的變異檢測提供了新實例和新思路，同時也為豬遺傳育種研究提供了寶貴的基礎資源，有力推動了豬在農業(yè)生產和生物醫(yī)學研究中的進一步應用。