震驚！非洲豬瘟病毒在中國變異了？豬血源飼料含非瘟風(fēng)險(xiǎn)極高被證實(shí)！

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非洲豬瘟病毒在中國變異了？

豬血源飼料含非瘟風(fēng)險(xiǎn)極高！

要點(diǎn)

與GA/2007株和ASFV-SY18株序列相比，PoL/2017株、 Pig/HLJ/2018株和 DB/LN/2018株在基因組多個(gè)位點(diǎn)出現(xiàn)了核酸插入、缺失和突變。         
                                    

更驚奇的是，ASFV-SY18株除了10 bp長的TRS外并未表現(xiàn)出以上任何的插入和缺失。對(duì)此的一種可能解釋是，中國的豬群中可能引入了不同的ASFV; 另一種解釋可能是由于使用的測(cè)序方法，ASFV-SY18的基因組未被正確編譯。

自2007年格魯吉亞發(fā)現(xiàn)ASFV后，II型基因型不斷進(jìn)化。本研究表明，核苷酸插入和缺失頻繁出現(xiàn)在ASFV中，甚至一些基因組的變化改變了ORFs。這些ORFs的改變對(duì)ASFV的影響還有待研究。

為調(diào)查含豬血的飼料是否被ASFV污染，收集遼寧省黑山縣某公司生產(chǎn)的20份干豬血和1份從黑龍江省收集的河北公司生產(chǎn)的含豬血的飼料添加劑用Q-PCR進(jìn)行基因組檢測(cè)，結(jié)果顯示樣品均為ASFV陽性。因此，為防止ASF進(jìn)一步爆發(fā)，對(duì)豬飼料的檢測(cè)至關(guān)重要。

2019年2月27日，沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)畜牧獸醫(yī)學(xué)院張瑩教授課題組在Emerging Microbes & Infections上發(fā)表題為 Genome sequences derived from pig and dried blood pig feed samples provide important insights into the transmission of African swine fever virus in China in 2018 的研究。

非洲豬瘟（ASF）是一種致死性的病毒性出血熱，主要發(fā)生在家豬和野豬上。非洲豬瘟病毒(ASFV)為雙鏈DNA病毒，是非洲豬瘟科，非洲豬瘟屬的唯一成員。

1921年

肯尼亞

1921年非洲豬瘟疫情在肯尼亞首次報(bào)道。

1950年

歐洲

20世紀(jì)50年代，非洲豬瘟疫情迅速在歐洲蔓延，至20世紀(jì)90年代被許多國家根除（除撒丁島以外）。

2007年

格魯吉亞

2007年格魯吉亞報(bào)道了非洲豬瘟病例。至此，ASFV在俄羅斯流行起來并傳播到其它歐洲地區(qū)國家。

2017年

西伯利亞

2017年，在俄羅斯 - 中國邊境附近的西伯利亞ASF連續(xù)爆發(fā)。

2018年

中國遼寧

2018年8月3日中國首次報(bào)道遼寧省沈陽市發(fā)生非洲豬瘟疫情。

2018年

中國黑龍江

2018年9月5日，黑龍江省佳木斯市報(bào)道非洲豬瘟疫情。

ASFV遺傳變異和中外ASFV基因序列比較

ASFV基因組長度隨分離株的不同而變化，范圍在170~193 Kb；從不同分離株中檢測(cè)到150~167個(gè)開放閱讀框（ORFs）。ASFV根據(jù)編碼衣殼蛋白p72的B646L基因被分為24個(gè)基因型。

盡管在ASFV在歐洲流行了10年，產(chǎn)生了額外的遺傳變異，但GA/2007株以及在此之后從歐洲獲得的分離株均屬于II型基因型。

2014年在立宛淘和波蘭的野豬身上首次發(fā)現(xiàn)I73R和I329L之間插入10 bp長的串聯(lián)重復(fù)序列（TRS）“TATATAGGAA”，這個(gè)標(biāo)記是目前識(shí)別新基因亞型的標(biāo)記。

本文中提到的序列信息匯總?cè)缦拢?br />

為研究樣品病毒來源，本研究對(duì)以上ASFV序列進(jìn)行了詳細(xì)比較分析，發(fā)現(xiàn)Pig/HLJ/2018和DB/LN/2018的全基因組序列與波蘭分離的ASFV的序列高度相似。

GA/2007株基因組全長189,344 bp但不包括末端反向重復(fù)和交聯(lián)序列。

ASFV-SY18株與GA/2007株相似，全基因組除插入的10 bp長的TRS外，只有12個(gè)堿基不同。

與GA/2007株和ASFV-SY18株序列相比，PoL/2017株、 Pig/HLJ/2018株和 DB/LN/2018株在基因組多個(gè)位點(diǎn)出現(xiàn)了核酸插入、缺失和突變。

中國三株ASFV和PoL/2017株與GA/2007株的基因組序列比較。

（A）ORFs的核苷酸插入。

（B）非編碼區(qū)的核苷酸插入。

（C）ORFs的核苷酸缺失。

（D）非編碼區(qū)的核苷酸缺失。

（E）ORFs的核苷酸突變。

（F）非編碼區(qū)的核苷酸突變。

ORFs的名稱顯示在每個(gè)圖的頂部。

圖頂部的數(shù)字表示相對(duì)基因組的位置。

DB/HLJ/2018的11個(gè)ORFs被測(cè)序，在A、C和E面板分別顯示這些ORFs上的插入、缺失和突變。

更令人驚奇的是，ASFV-SY18株除了10 bp長的TRS外并未表現(xiàn)出以上任何的插入和缺失。對(duì)此的一種可能解釋是，中國的豬群中可能引入了不同的ASFV; 另一種解釋可能是由于使用的測(cè)序方法，ASFV-SY18的基因組未被正確編譯。

這一問題您怎么看？歡迎討論。

由每個(gè)ORF編碼的蛋白質(zhì)構(gòu)成的分子進(jìn)化樹。

當(dāng)幾個(gè)ORFs具有相似的樹時(shí)，僅顯示一棵樹，但是ORF的所有名稱都顯示在樹的頂部。

序列編碼顯示在第一棵樹的括號(hào)中。

圖A-F中所示的五種病毒在樹中加下劃線紅字標(biāo)出。

本研究對(duì)中國分離的3種病毒的ORFs與公共數(shù)據(jù)庫中10種其它ASFV II型基因型的ORFs進(jìn)行了分子進(jìn)化分析，發(fā)現(xiàn)病毒中有12個(gè)ORFs形成不同的分支：在進(jìn)化樹中GA/2007株和ASFV-SY18株在同一分支，而Pig/HLJ/2018株和DB/LN/2018株處于另外的分支。值得注意的是，2014年和2017年在歐洲國家分離的病毒大部分都與Pig/HLJ/2018株和DB/LN/2018株處于同一分支。

自2007年格魯吉亞發(fā)現(xiàn)ASFV后，II型基因型不斷進(jìn)化。本研究表明，核苷酸插入和缺失頻繁出現(xiàn)在ASFV中，甚至一些基因組的變化改變了ORFs。分子進(jìn)化分析表明，早在2014年歐洲的ASFV中一些ORFs已經(jīng)發(fā)生了改變。本研究分離出來的毒株大部分ORF的變化在2015年和2017年波蘭分離株中出現(xiàn)。這些ORFs的改變對(duì)ASFV的影響還有待研究。

飼料傳播ASFV的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)警

從屠豬場(chǎng)收集的豬血是豬和其它動(dòng)物飼料的蛋白重要來源。為調(diào)查含豬血的飼料是否被ASFV污染，收集遼寧省黑山縣某公司生產(chǎn)的20份干豬血和1份從黑龍江省收集的河北公司生產(chǎn)的含豬血的飼料添加劑用Q-PCR進(jìn)行基因組檢測(cè)，結(jié)果顯示樣品均為ASFV陽性。

本研究從中國豬病料和干豬血飼料樣品分離鑒定出兩株病毒并進(jìn)行了基因組分析。部分序列分析表明從黑龍江省佳木斯市采集的含豬血的飼料添加劑被類似的ASFV毒株污染。本研究從豬病料里分離到了一株活毒，并證明在豬群里具有高致死性和傳染性（文中未展出數(shù)據(jù)）。

盡管本研究并未在所檢測(cè)的干豬血飼料中分離到活毒，但并不意味著目前在中國流通的所有含豬血的飼料中ASFV失活，這有可能是目前ASFV傳播的途徑之一。因此，為防止ASF進(jìn)一步爆發(fā)，對(duì)豬飼料的檢測(cè)至關(guān)重要。

本研究的病毒序列已保存至GenBank（MK333180-MK333192）。本項(xiàng)研究是張瑩教授與中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所合作完成。沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)畜牧獸醫(yī)學(xué)院青年教師文雪霞與哈爾濱獸醫(yī)研究所何希君研究員為論文共同第一作者，畜牧獸醫(yī)學(xué)院張瑩教授與哈爾濱獸醫(yī)研究所步志高研究員為共同通訊作者。

源自中國動(dòng)物保健，本文由韋韜、周盼伊翻譯編輯