基于細菌16、23SrDNA的基因檢測法
不論是細菌的16SrDNA,還是23S rDNA均由保守區(qū)和可變區(qū)構(gòu)成。不同菌種間保守區(qū)序列差異較小,但可變區(qū)序列則隨菌間的親緣關(guān)系不同而有一定的差異,人們利用這一特性設(shè)計引物進行菌種鑒別?;驒z測的基本原理為:提取DNA→PCR擴增→純化擴增產(chǎn)物→凝膠電泳對產(chǎn)物進行檢測→測序循環(huán)→純化測序產(chǎn)物→序列數(shù)據(jù)分析。針對l6、23SrRNA基因的保守性和特異性特點,檢測可采用以下幾種方式:①兩種引物設(shè)計在保守區(qū),成為通用引物,而在中間的特異區(qū)中選擇序列作探針。先用通用引物作PCR快擴增,可篩選出含有病原菌的標本。擴增產(chǎn)物再與種或?qū)偬禺愋蕴结橂s交,對靶細菌作出鑒定,可以達到診斷的目的。②兩條引物設(shè)計在保守區(qū),在中間的特異區(qū)中,選擇一條或兩條特異性引物作套式或半套式PCR,然后用限制性內(nèi)切酶進行酶切,結(jié)果產(chǎn)生了不同的酶切圖譜。該方法可較好地對臨床標本中的感染菌進行鑒定,其敏感度可達到檢測l0個大腸埃希菌或250個金黃色葡萄球菌的水平。③將一對引物中的一條設(shè)在特異區(qū),而另一條設(shè)在細菌的高度保守區(qū),檢測某一種屬的病原菌,運用這一方法檢測糞便中的艱難梭菌,可比培養(yǎng)法迅速得到準確的結(jié)果,可在l06個大腸埃希菌的背景下檢出l0個艱難梭菌,說明該方法具有很高的特異性。另外,也可直接在16SrRNA特異區(qū)中設(shè)計引物檢測各種特定病原菌,該方法應(yīng)用較為廣泛,如檢測支氣管灌洗液中的軍團菌、皮膚活組織中檢測麻風桿菌、痰和咽拭子中檢測肺炎支原體等。 |
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